Redirection(301)についてお伺いしたいです。

エックスサーバーの使い方についてのコミュニティなので、SEO的な事は範囲外のような気がします、と言いつつお返事させていただきます。

こうしたプラグインやツールに関する具体的なお話ではなくて恐縮ですが、

気にされているようなSEO的なことに関しては、正直、正解はありません。

グーグル検索のアルゴリズムが変更になれば、順位は大幅に変わったりします。

検索順位を細かく気にしていても、何もしていなくても上がったり下がったりしますので、一喜一憂する必要はないです。

グーグルさんは「良質の記事があればそのうちにちゃんと収集するから、多少順位が変更になっても心配しないでね」的な事を言っていたはずです。

サイトや、記事が、アドレスが違うものになっても、SEOプラグインを入れて、グーグル検索用のサイトマップ（XML）を作って、サーチコンソールに申請しておけば、一時的に順位が代わってもそのうちに元に戻るように思います。

あとはグーグルアナリティクスG4でデータを収集して、細かい分析をして、閲覧者の動線を研究すればいいかもしれません。

検索エンジンの細かいアルゴリズムはブラックボックスのため、あくまで経験論ベースの意見になります。
これが正解であるとの保証はできませんし、誤っている場合にも責任は取れませんので、その点はご承知おきくださいー！

> １・この場合、記事の引っ越し（移動）に便利なプラグイン「DeMomentSomTres Export」を使って
> 一気に引っ越すことは、検索順位に影響を及ぼしますでしょうか？

当該プラグインを使ったことがないため明確なことは言えませんが、単にURLを変更するだけでなく、サイトの構造を変更するとなると、影響はあるかもしれません。

検索エンジンが各ページの内容を解析し評価するにあたり、「どのページからリンクされているか」をもとに「そのページが何に言及しているか」を判断することがあるように感じています。

サイト構造を変化した場合、必然的に「サイト内リンクの構造」も変わるものと思われます。
そうなると、検索エンジンが各ページの内容を解析するにあたり、これまでとは異なる解析結果になるかもしれません。

念のために補足すると、「一気に引っ越すと検索順位に影響を及ぼすかもしれない」ではなく、「一気にであれ少しずつであれ、サイトの構造が変わるのであれば、検索順位に影響を及ぼすかもしれない」ということです。

> ２・重複記事にカウントされないようにするために、気をつけたら良いことはございますでしょうか。
> (転送先の記事をインデックスしない設定にしてありますが、これで十分でしょうか？)

むしろ悪影響があるかもしれません。

Redirectionプラグインは、旧URLにアクセスした場合に新URLに自動的に転送（301リダイレクト）するプラグインだと認識していますが、あっていますか。

旧URL
　↓　Redirectionプラグインにより、301リダイレクトが発生
新URL

といった転送処理の場合、旧URLへの評価はすべて自動的に新URLに対するものとして扱われるようになります。
301リダイレクトが有効な場合、重複記事とは判断されないため、新旧URLのいずれにおいても、noindexやcanonicalタグなどの設定は不要です。

「転送先の記事をインデックスしない設定」が

旧URL
　↓　Redirectionプラグインにより、301リダイレクトが発生
新URL　←noindexを設定

ということであれば、転送先の新URLがインデックスされない状態のため、最終的に検索結果にはそのページが表示されなくなるかもしれません。