【1】ドメインを削除しても、ファイルマネージャー上でファイル、フォルダが残った状態です。パーミッション変更をしてももとに戻ったり、削除しても消えなかったりします。
【2】ドメインの初期化、削除を行っても特定のファイル、フォルダが消えませんでした。新しくWordpressの自動インストールを行うと、消えなかったフォルダやファイルはそのままロック状態でのこったままです。
【3】ブラウザをEdge,Chromeで試してみました。WinSCPでも試してみました。
【4】ご利用環境（わかる範囲でOK）
- 利用端末（PC）
- OS（Windows11）
- ブラウザ（例：Chrome、Edge）
まずは公式のサポートに依頼し、不審なプロセスが稼働し続けていないか確認してください。とともに、不審なプロセスが稼働している場合、プロセスをキルするようにつたえてください。
※SSHやCronなどを使用し、コマンドラインからご自身でプロセスを見てキルできる、ということであれば、それでも問題ありません。
そのうえで、ファイルマネージャーから、
・「パーミッションの先頭の数字」が「0～1、3～5」のファイル
・「パーミッションの先頭の数字」が「7」ではないフォルダ（000など）
を探し、パーミッションを711に変更してください。
パーミッションとはFTPなどでそのファイルを操作する権限で、
1：実行権限
2：書き込み権限
4：読み込み権限
を足し合わせた数になっています。
また、FTPからファイルを削除するには、3桁の数字のうち、先頭の数字（オーナー）に「書き込み権限」が必要で、そのファイルがあるフォルダに移動するためには、フォルダに「実行権限」と「読み込み権限」が必要です（うろ覚えです、誤っていたらどなたか補足してください）。
添付された画像の場合、「.htaccess」のパーミッションが「555」になっていますが、これは「実行権限＋読み込み権限」で、「書き込み権限」がない状態です。そのため、FTPソフトでファイルを削除しようとしてもできず、また、そのファイルにたどるまでのフォルダも削除できません。
パーミッションを変更しても元に戻ってしまうとのことですが、不正アクセスか何かの関連で、
・意図しないCronが登録されている可能性
・意図しないプロセスが稼働し続けている可能性
などが考えられます。Cronの設定状況はサーバーパネルから見られますが、プロセスの稼働状況はSSHなどから見る必要があり、やや大変です。これは公式のサポートに依頼すれば対応してもらえると思います。
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