回答募集メールボックスの中身を削除しても、管理画面の使用容量の数値が変わらない

明確な原因＆対策はわからず、提案できることとしては「4.」が正しくできているか確認するぐらいですが…

「4.」でサポートに言われた「maildirsize」というファイルは、よしおさんが書いている「旧Webメール、新webメール、サーバーパネル（メールアカウント設定）」にアクセスしたときに表示される「メールボックスの使用量」の計算の元になっているファイルです。

投稿者:: よしお

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mail/domain.com/maildirsizeファイルを削除してみるようにサポートに言われる

とはフォルダが若干異なり、正しくは

/ドメイン名/mail/ドメイン名/メールアドレス/maildirsize

で、例えば「test@example.com」の場合、FTPソフトやファイルマネージャでサーバーにアクセスしたときの

/example.com/mail/example.com/test@example.com/maildirsize

が正しい場所です（表現を端折ったのか誤ったフォルダを教えられたのかわからないので、念のために記載しました）。

このファイルを削除した場合も、次に1通でもメールを受信すると、その瞬間に、「その時点のメールボックスの内容」をもとに「maildirsize」が再生成されます。

再生成されるまでの「maildirsize」がない状態で「サーバーパネルのメールアカウント設定」などにアクセスすると、使用量が「0」と表示されるので（Webメールの場合は「不明」などと表現されたかと思います）、「指定したファイルが正しく削除できているか」について、このタイミング（「maildirsize」が削除され、再生成されるまでの間）であれば確認できます。

パーミッション値の異常など「maildirsize」が削除できなかった場合、FTP（ファイルマネージャ）から「maildirsize」のパーミッションを640に変更したうえで削除を試してみるとよいかもしれません。

個人的にはこれもしくはそれに類する何かの事情により、「maildirsize」の読み書きがうまくできなくなっている可能性があるのかな、と考えています。

なお、正しい場所にある「maildirsize」を削除し、再生成されたにもかかわらず依然として容量がおかしい場合、具体的にどうとは言えませんが、「メールボックス側」に何かしら異常があるかもしれません。

再生成された瞬間（maildirsizeを削除したのち、1通だけメールが届いた状態）の「maildirsize」ファイルの中身は、

メールボックスの最大容量
あるタイミングのメールボックス使用量 あるタイミングで保管されているメールの件数
その後受信したメールの容量 1（件数）　※このファイルが再生成されるトリガーになったメール受信

のようになっています。具体的な数字を入れると、以下のような感じでしょうか。

▼例

20000000000S
1000000 500
1000 1

この、「あるタイミングで保管されているメールの件数（例で言うところの「500」にあたる部分）」が予想外に多い場合、意図しないどこかしらのフォルダに大量のメールが保管されている可能性もあるかもしれません。

ただしこのケースについては、メールボックスの使用量が100％であれば以後のメールは受信できないはずなのですが…

また、

投稿者:: よしお

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ゴミ箱の中身も空にする

について、メールボックス使用量の計算方法として、ごみ箱に移動させたメールはその瞬間に使用量の計算からは除外されるため、ごみ箱の中身を空にした場合も、使用量は変わらないようです。

そのため、「2.」の作業では、メールボックスの使用量は変わりません。

※「迷惑メールボックス」は容量の計算に含まれるので、「1.」で迷惑メールフォルダのメールを削除し、ごみ箱にメールが移動した場合、正常な挙動であれば、メールボックスの使用量はその分減ります。