公開鍵ファイル(.keyファイル)のファイルサイズがゼロ

そして、FTPの方も、FTP接続を許可するIPアドレスを追加しても、その設定が画面に反映されない状態です。

ファイルマネージャでもアクセスできず。

SFTPもFTPも、GUIでのFTP機能も何も使えない状態で困っています。

公式のサポートに問い合わせるしかないと思いますが、

・SSHのキーペアの生成
　→FTP領域上の、/home/サーバーID/.ssh にアクセスできない状態だと生成できない（ファイルサイズが0になる）

・FTP制限設定
　→FTP領域上の、/home/サーバーID/.ftpaccess などに設定が書き込まれる。システム（サーバーパネル）から当該ディレクトリのファイルを操作できない場合、.ftpaccessに記述が追加できず、設定できない

といった仕組みのため、上記のどちらもできないのであれば、コマンドライン（CronやSSH）などから、どこか上のほうのディレクトリの権限（パーミッションなど）を意図しないものに変えてしまっている可能性があるかもしれません（なお、コマンドラインから「/home/サーバーID/のパーミッションを変えられるのかは私は試していません）。もしくはなんらかの不具合でuser権限ではなくなっているとか。

キャプチャ画像に記載されたドメイン名にはアクセスできるようなので、読み込み権限はあるけれど、書き込み権限や実行権限がないパーミッションになっている感じでしょうか。具体的にどのようなパーミッションかといった情報はすぐには出てきませんが。

/home/サーバーID/

あたりまでの権限が適切なものに修正されれば、SSH機能もFTP制限設定もFTPでのアクセスも使えるようになると思います。

また、現状では公式のサポートに確認するしか方法がないように思います。