登録方法ご存じの方いらっしゃいますか。
実際に試したわけではないのため、質問者さんの言う「登録方法ご存じ」に該当するかはわかりませんが、
https://help.shopify.com/ja/manual/domains/add-a-domain/connecting-domains/connect-domain-manual
にマニュアルがあるので、それに沿って作業をすればよさそうに見えました。
Shopifyで登録しようとしたらうまくできません。
が具体的にどこでつまづいているのかはわかりませんが、
XServerドメインでドメイン名を取得したのであれば、
https://www.xdomain.ne.jp/manual/man_domain_namesever_setting.php
でネームサーバーを「XServer Domain」にしておけば、DNSレコードを編集することが可能です。
DNSレコードの編集方法のマニュアルは
https://www.xdomain.ne.jp/manual/man_domain_dns_setting.php
にあるので、Shopifyのマニュアルを見ながら必要なレコードを追加していき、一定時間待ったうえで確認すれば独自ドメインでShopifyが使えると思います。
マニュアルを見ながらの作業で注意することとしては、
ステップ1: 外部ドメインプロバイダーのアカウントのDNSレコードを変更する
の
g. wwwが付いたCNAMEレコードをshops.myshopify.com.に関連付けます。ドメインの末尾には、ピリオドがあることを確認してください。
ぐらいでしょうか。
XServerドメインのDNSレコード編集機能においては、CNAMEレコードを登録するときに末尾のピリオド付きの「 shops.myshopify.com.」でエラーが出る場合、末尾のピリオドを省いた「shops.myshopify.com 」で登録してみてください。
XServerドメインの仕様として、おそらくそれでも末尾にピリオドを付けたときと同じように動作するはずです。