ドメインとSLL（ http://rapidssl.com/）を契約しましたが、
ドメイン名とSSLだけでなく、エックスサーバー、XServerビジネスなどの「レンタルサーバー」は契約していますか。
貼り付けられた画面は、「エックスサーバー、XServerビジネスなど、エックスサーバー社が提供する各レンタルサーバーで独自SSLを利用する場合」の申請画面です。
ドメイン名とSSLの契約のみで、エックスサーバー社のレンタルサーバーを契約していないのであれば、THAOさんの現在の状況のとおり、サーバーID欄では何も選択できません。選択するべきサーバーID（サーバー契約）が存在しないので。
サーバーの契約がないままSSL証明書を発行することはできませんので、エックスサーバーやXServerビジネスなど、「エックスサーバー社のレンタルサーバー」で独自SSLを使うのであれば、
・まずはサーバーを申し込む
↓
・申し込んだサーバーの管理画面（サーバーパネル）から、契約したドメイン名の設定を追加する（「ドメイン設定」というメニューからできます）。
↓
・改めて、SSL証明書の申請画面にアクセスし、申請する（ここまでの作業をすれば、サーバーIDやコモンネームが選択できるようになります）
といった手順で作業を進める必要があります。
SSL証明書をエックスサーバー社のレンタルサーバーではなく、VPSや、エックスサーバー社以外のレンタルサーバーなどで使用する場合、「他社の利用（外部の利用、といった表現だったかもしれません）」で契約する必要があります。
エックスサーバーの公式サポートに連絡すれば、現在の契約から「外部で利用する契約」に変更してもらえると思います。
当社は
・Xサーバーの「ビジネスVPS」（１年間契約済み）
・Xサーバーの「ドメイン」（１年間契約済み）
・Xサーバーの管理画面から「RapidSSL.com ラピッドSSL」を１年間契約した
という３つのサービスを申し込んで、１年間契約しました。
申し込みの時、選択したのは間違った可能性が高いと思います。
お申込みキャンセルしたら、払った金額を希望しているプランに変更できますか。
申し込みの時、選択したのは間違った可能性が高いと思います。
お申込みキャンセルしたら、払った金額を希望しているプランに変更できますか。
これについては、
エックスサーバーの公式サポートに連絡すれば、現在の契約から「外部で利用する契約」に変更してもらえると思います。
と記載したとおりです。公式のサポートに問い合わせてみてください。
・公式のサポートにて、契約を書き換えてくれる
・契約自体がいったん削除され、支払い済みの料金も返金される。その後改めて希望するものを申し込み直す
のどちらになるかはわかりませんが、いずれにせよ、すでに支払った料金を「本来契約したかったもの」に振り替えることが可能だと思います。
なお、「お申し込みのキャンセル」というのは
https://www.xserver.ne.jp/manual/man_order_cancel.php
のことだと思いますが、当該機能は「未払いの契約（銀行振り込みの支払い前、みたいな状態）」に対してのみ有効です。
今回のTHAOさんの契約は「支払い済み」にあたるため、管理画面から取り消すことはできません。