設定対象ドメインについて分からないので教えてください

おそらく、サーバーパネル（旧デザイン）のトップページ下に表示される「設定対象ドメイン」のことだと思いますが。

（サーバーIDというのはドメインのことですよね）

設定対象ドメインとは何ですか？

↑のページの画像を添付しましたが、赤枠部分に「設定対象ドメイン」の説明が書かれているので内容を確認してください。

簡単に書くと、

「設定対象ドメイン」で選択しておくと、その後の操作が便利になるというだけです。（特に複数ドメインの場合）

「WordPress簡単インストール」の場合を例に書くと、

通常は、

メニューの「WordPress簡単インストール」

↓

「ドメイン選択」画面

↓

「WordPress簡単インストール」画面の流れですが、

「設定対象ドメイン」で選択しておくと、2番目の「ドメイン選択」画面が表示されなくなります。（すでにドメインは選択済みなので）

「WordPress簡単インストール」以外にも、「ドメイン選択」画面を表示する機能は多いので、「設定対象ドメイン」を使えば利便性はアップします。

■結論

処理したいドメインを「設定対象ドメイン」で選択しているんだったら、そのまま進めてもいいですよ。