xサーバーで契約してしまいました。
について、具体的にどの画面からどのような操作をしたかによります。
考えられるパターンとしては以下あたりでしょうか。
なお、以下の【1】の場合も【2】の場合も、その契約をそのままにすることによって「バリュードメインで取得済みのドメイン」に対して悪影響を及ぼすことはないので、以下の記載が理解できない場合は契約をそのままにしてしまっても問題はないはずです。
【1】エックスサーバーの「契約管理画面」から、「ドメインの新規取得」を申し込んだ
具体的には、以下のマニュアルページ「ドメイン新規取得」の後半にある「すでにXServerアカウント登録が完了している場合」の作業をした場合。
▼ドメイン新規取得
https://www.xdomain.ne.jp/manual/man_order_domain.php#an2-0
バリュードメインで取得済みのドメイン名であれば、XServerドメインから改めて新規取得の申し込みをすることはできず、「そのドメイン名は取得できません」などのエラーが出るものですが、銀行振り込みの反映までのタイムラグなどによっては、エックスサーバー側でもドメインの取得申し込みができてしまうかもしれません。
これに該当する場合、エックスサーバー契約管理画面（ https://www.xserver.ne.jp/manual/man_tool_xserver.php#link-a ）の「ドメイン」の見出しのところに、バリュードメインで取得済みのドメイン名が表示され、ステータスは「通常」となっているものの、有効期限が表示されていない状態になっていると思います、たぶん。
■この場合にやること／できること
エックスサーバーの管理画面から公式のサポート窓口に連絡すれば申し込みを取り消してもらえると思いますので、連絡してみてください。
すでに支払い済みの「取得料金」も「プリペイド」などに払い戻されると思います（実際に手続きをしたことはないので、具体的な返金ルートは把握していません）。
ドメイン取得料金の支払いがまだ、ということであれば、ご自身で申し込みを取り消すことが可能です。
▼申し込みの取り消し
https://www.xserver.ne.jp/manual/man_order_cancel.php
【2】エックスサーバーの「契約管理画面」から、「ドメインの移管」を申し込んだ
ドメインの種類はわからないものの、
https://www.xdomain.ne.jp/manual/man_order_domain_transfer.php
や
https://www.xdomain.ne.jp/manual/man_order_domain_transfer_other.php
などの作業をしてしまった場合。
もしくは、
https://www.xserver.ne.jp/manual/man_order_present_domain.php
にある「ドメイン永久無料特典」で「ドメインの移管」を申し込んでしまった場合。
エックスサーバー契約管理画面の「ドメイン」のところに「バリュードメインで取得したドメイン名」が表示され、ステータスが「移管受付」や「移管申請中」で、かつ、「移管申請」ボタンなどが表示されている状況であれば、これに該当します。
ドメイン名の移管とは「ドメインの契約管理（そのドメインの更新料金を今後どこに払うかとか、ドメイン契約に付随する、Whois情報の設定やネームサーバーの設定の作業をする、といったものを指します）をバリュードメインからエックスサーバーに変更する」といった意味合いの手続きです。
バリュードメインで取得したドメインの契約は引き続きバリュードメインでしたい（1年後の更新料金もバリュードメインに払い続けたい）ということであれば、移管手続きは「不要」です。
■この場合にやること／できること
【1】と同様です。
「移管料金を支払い済みの場合」や「独自ドメイン永久無料特典」で適用した場合、管理画面から公式サポートに問い合わせることで、移管の申し込みを取り消すことが可能です。
「移管料金の支払いがまだ」の場合は、ご自身で申し込みを取り消すことが可能です。
【3】それ以外の場合
人によっては上記以外の何らかの作業を指して「ドメインをxサーバーで契約した」と表現することもあるかもしれません。
私の知見では具体的な事例が思いつかないので、これに該当する場合、どの画面からどのような作業をしたかなど、詳細を知らせていただけると助かります。