ark survival evolvedのwin SCPによるファイル転送での設定変更

一般的な確認項目として、ファイルの保存が適切に行われているか（そもそも変更後の内容で保存されていない）、サーバー側で変更前のキャッシュが残っており反映されていないなどがないかまずは確認してみてください。

また、少し調べてみたところ「GameUserSettings.ini」ファイル自体がサーバー再起動時にリセットされる場合があるようで、この場合対象ファイルのエラーが発生していることが原因となるようです。
推測ですが上記に該当しない場合、こちらが原因である可能性が高いかもしれません。

当該ゲームをプレイしていないので正確な変更内容などを把握しておらずその点についてのアドバイスはできないですが、構文エラーかファイル内における必要な設定不足、記述内容のミスなどがないか今一度見直してみることがよいかと思います。

ファイルを正しい形式へ修正しつつ再起動後に反映されるかの再確認をご検討ください。