ドキュメントルートはどちらを選択したらよいかがわかりません

サブディレクトリとサブドメインの見分けがつかなくなるので、上の「AAA.ドメイン」の方をおすすめします。（添付画像参照）

下の方はサブディレクトリを作った時と同じ形式なので、フォルダパスではどっちなのか見分けがつかなくなると思いますよ。

ちなみに、URLはそれぞれ以下のようになります。

サブドメイン： https://AAA.ドメイン

サブディレクトリ： https://ドメイン/AAA

今後、サブディレクトリを作る予定がないのであれば、下の方でも構いません。