MODパックを入れて遊ぼうとしているのですがサーバーがまだ起動してませんなどの文が出て入れません。MODパックなのでWinscpから入れようとするとrootパスワードの所で許可が降りず出来ませんでした。コピペもしましたし何度もやっているのでパスワードを間違えて入力はしていないと思います。もちろんWinscpからやるときはパケットフィルター設定もSSHで追加して各項目間違いはありません。ですがまずmodを入れることができませんでした。次にMODパックを解凍しマインクラフトマネージャーから手動で全部入れる事もしました。MODに不備はなく一応入れることは出来てると思うのですが入ろうとすると起動してるのにしていませんとでます。もちろん再起動も何回もかけています。コンソールから起動しようとするとログインにrootを入力し、パスワードにrootパスワードを入力しているのですが何度やっても最初に戻ります。マインクラフトマネージャーは開けているのでパスワードも間違いではないと思うのですが理由が全く分かりません。課金した後に1度も遊べていないのでとても困っています。
細かな手順などを含めて精査することは難しいので、ひとまずMODの導入に関しては下記の記事を参照して最初からやり直してみることがよいかと思います。
■参考：【マイクラ】MODサーバーの立て方！3ステップで解説
https://games.xserver.ne.jp/minecraft-media/mod-server/
1度も遊べていないとのことですが、MODを導入しない形式でも同様でしょうか。問題の切り分けのためMODを導入しない形式でも1度起動可否を確認することも検討するとよいかと思います。MODを導入した形でのみ問題が生じるのであればMOD導入のフローに問題があるなどの判断ができるかなと。
コンソールへのログインができないとの件については、root入力後パスワード入力をしてEnterを押すと再度root（ユーザー名）の入力画面に戻るということでしょうか。その場合は、rootパスワードの誤りである可能性が高いかと思います。その場合はアプリ再インストールを行いrootパスワードを変更するほかないですね。。
※コンソールへのログインパスワード（rootパスワード）とエックスサーバーの管理画面やマインクラフトマネージャーへのログインパスワードは異なるものなのでご注意ください。rootパスワードは質問者さんがアプリのインストールを行った際に自分で決めたパスワードです。
■参考：アプリ再インストール
https://vps.xserver.ne.jp/game-server/support/manual/man_game_app_install.php
※アプリ再インストールを行うと設定が初期化され、現在のデータは削除されるのでご注意ください。