sslの更新申請ができません

SSLには有料のオプション独自SSLと無料独自SSLがありますがどちらでしょうか。
有料のオプション独自SSLであれば、契約種別により更新の方法も異なるので下記マニュアルに沿って対応してみてください。

■参考：更新申請の手順
https://www.xserver.ne.jp/manual/man_order_ssl.php#link-c

更新申請自体が出来ないという場合、料金の支払いが完了していないか対象SSLの有効期限日を超過しているかのいずれかかなと思うので該当してないかもあわせて確認してみてください。

無料独自SSLであれば、基本的には自動更新ですが質問内容から更新失敗のお知らせが届いたなどの状況かと思います。
その場合はSSL側でのメンテナンス起因で失敗している、対象ドメインのAレコードがエックスサーバーを参照していないなど様々要因があります。

まずは更新失敗のお知らせに記載の手順に沿って手動での更新をお試しください。
（手動更新方法は下記マニュアルにも掲載されています。）

■参考：証明書の自動更新について
https://www.xserver.ne.jp/manual/man_server_ssl.php#link-c

手動での更新が出来ない場合、対象のドメインがどこのサーバーを参照しているか（Aレコード）確認してみてください。
サーバーパネルから設定可能な無料独自SSLの場合、外部サーバーを参照していると更新できないので参照先サーバーのSSLを利用するか、対象ドメインのAレコードを修正してから更新の必要があります。

上記一般的な回答となりますが、まずは質問者さんがどれに該当しているのか自身で確認しながら各マニュアルの内容を再度確認してみてください。