タイトルの通りで、今タクティカルフレームと深これを入れて遊んでいるのですが
各MODのコンフィグ設定がどこでやるのか、もしくは出来ないのか教えていただけると幸いです。
確認する限りマインクラフトマネージャーからはMODの追加は可能ですが、コンフィグファイルを編集するための機能は見当たりませんでした。
参考：マインクラフトマネージャー
https://game.xserver.ne.jp/support/manual/man_tool_minecraft.php
なのでゲーム内コマンドで設定変更ができないMODは、コンフィグファイルを直接編集する必要があるかと思います。その場合編集した対象ファイルをサーバーへSFTP接続して置き換えるなどで対応可能かと思われます。
参考：SSH接続方法
https://game.xserver.ne.jp/support/manual/man_game_ssh_connect.php
（コンフィグファイルの編集を誤ると起動しなくなるなど問題発生すると思うので、バックアップ取得してから行うことをおすすめします。）
回答ありがとうござます。
SSHの接続まではうまくいったのですが
どこにコンフィグファイルがあるのかが分からないのですが
ｌｓでファイルを探していくしか方法はないのでしょうか？
それで1つずつ探すことも可能かと思いますが、lsコマンドは指定したディレクトリの内容（ファイルやサブディレクトリ）をリスト表示するためのコマンドなので、configファイルを探す場合findコマンドを使用して探す方が良いかと思います。
詳細な操作方法や編集方法などについては、コマンドやMOD自体について調べると詳しい解説など見つかるかと思うのでご参考程度となりますが、提示内容からconfigというディレクトリの中のshincolle.cfgやtacticalframe.cfgなどいった名称のファイルを編集する形になるのかなと思います。
（対象MODについて詳しくないため当該MODのドキュメントなどあればそちらを参考にするとより正確な情報が得られるかと思われます。）