VPS forGAME にてパルワールドのMODを入れたいものがあり、サーバーの方のファイルに入れないと動作しません。
この場合、WinSCPなど使用して入れなければならないですか？
詳しくないのでXserverの方で用意されているものがあるならそちらを使いたいのですが
パルワールドマネージャには該当の機能がないように見えるので、仰せのように自身でサーバー上にファイルをアップロードする形となるかと思います。
過去に類似の質問をされた方への回答の引用となりますが、記載いたします。
マルチではなくソロでの導入っぽいですが、一部参考にはなるかと思うので関連の記事について列挙します。
■【パルワールド】MODの入れ方とおすすめMOD【Palworld】
https://gamerch.com/palworld/entry/823190■【パルワールド】PalworldおすすめのMODと導入方法を解説
https://www.conoha.jp/vps/media/mine-semi/palworld-mod/#section03-01■RE-UE4SSのインストール方法とクラッシュ対策【パルワールド】
https://k-popolog.net/how-to-reue4ssパルワールドはプレイしたことがないので、明確な対応方法に関する回答はできませんが、、Xserver VPS for GameにおいてもSSH接続は可能なようなので、UE4SSファイルをVPSサーバー上のPalworldのインストールディレクトリにアップロードしてUE4SSの設定ファイルを編集して再起動で適用といった形となるかと思われます。
■参考：SSH接続方法
https://vps.xserver.ne.jp/game-server/support/manual/man_game_ssh_connect.phpこの掲示板がエックスサーバーの基本的な利用方法に関するものとなるので、MODの利用方法などについては回答がつきにくいかもしれません。。そのため、実際の導入において細かな不明点が発生する場合は、パルワールドのwikiなどの方がより詳細な回答が得れるかもしれません。