過去に、userbackupを自動生成し、リネームして保存（仮にbackup001とする）、その後削除したことがあります。
サーバパネルのバックアップ機能の「手動バックアップデータ作成」メニューで表示されるフォルダ一覧に、FTP接続でホームディレクトリを開いた時には見えないbackup001が表示されます。
backup001を「手動バックアップデータ作成」メニューに表示される理由と削除の方法が分かる方、教えてください。なお、backup001も、「手動バックアップデータ作成」からはダウンロードできるようです。
自動バックアップをしたことないので、きちんと回答できませんが。
backup001をダウンロードした時に、正しいバックアップデータがダウンロードされるんでしょうか。
（空データがダウンロードされないのか）
「ダウンロードできるようです。」と書かれていたので、確認してみました。
このマニュアルには、「取得したバックアップデータは24時間経過すると自動的に削除されます。」と書かれています。
「24時間経過すると自動的に削除」という部分がちょっと気になります。
24時間以内に名前を変更したり、削除しても問題ないのか？とか。
削除する方法として思いついたのが空ファイルのbackup001をアップロードする方法で、24時間後に表示が消えたりしないですかね。
ご返信ありがとうございます。
結論から申し上げて、解決というか原因は判明いたしました。
FTPから見えないフォルダを生成したときのIPアドレスが、現在と異なっており（事業所が移転した都合で）、そのため、そのファイルについての.ftpaccessに現在のIPアドレスがallowで書き込まれていないのが原因でした。SSHで.ftpaccessを編集することで解消できます。ただし、元々削除したいフォルダでしたので.ftpaccessにallowで書き込まれているIPアドレスで接続して対処いたしました。
なお、自動バックアップをリネームした場合、24時間後に削除される対象からは外れます。その後再度、デフォルトのフォルダ名＝userbackupに戻してから24時間経過した後もフォルダは残っていました。ただ、リネームして保存し続けるとサーバの容量を圧迫するので、自動バックアップ生成の範囲指定、フォルダの世代管理には慎重を要します。