無料SSLの自動更新がエラーになったため、手動で更新を試みましたが、エラーになります。解決法として下記が示されていますが、１以外は特に該当するものはありません。ただし、１については、制作会社が独自に運営しているNSを使っており、２は、制作会社のDNSのAレコードでWEBサーバを参照するようにしており、ＳＳＬの初回設定時には問題なくＨＴＴＰサイトとして公開できております。１の対応ができず、２～５に該当するものがない場合、他の原因としては何があるでしょうか？なお、ＳＳＬはサブドメインで開設したサイトに設定しております。
１ 該当ドメインのネームサーバーをXserverのネームサーバーに変更する
２ 該当ドメインのDNSレコードの情報を当サーバーを参照するよう修正
３ ドメインのDNSSEC設定を一時的に外す
４ 「サイト転送」の設定を一時的に外す
５ 「アクセス制限」の設定を一時的に外す
自動更新できないとのことですが、SSLが期限切れになっていないでしょうか？
SSLが期限切れで、常時SSL化(HTTPSへ転送する設定)を行っている場合、手動更新ができません。
常時SSL化の設定を解除してから、手動更新を試してください。更新ができれば、常時SSL化は戻しても問題ないです。
上記で対処ができないのであれば、公式サポートに問い合わせることをお勧めします。
おそらく、サポート側ではサーバー側の細かいエラーを調査できるはずです。
SSLは期限切れにはなっておらず、HTTP⇒HTTPSへの転送設定もなし、.htaccessにもNo Cash Modeの設定のみ書き込んでいます。現在、公式サポートに問い合わせて、回答待ちです。
返信ありがとうございました。
当該サブドメインに常時SSL化の設定がされている（ http://～→https://～へのリダイレクト）状態ではないでしょうか。
上記の場合1度常時SSL化の設定を解除したうえで、再度手動更新をお試しください。
返信ありがとうございます。
（当方は、実は、担当者からのトラブルシューティングの相談を受けた側なのですが）、HTTP⇒HTTPSへの転送設定もなし、.htaccessにもNo Cash Modeの設定のみ書き込んでいるとのこと。DNSSECも設定していません。
現在、公式サポートに問い合わせて、回答待ちです。